Անկախ պետությունների համագործակցությունը (ԱՊՀ) ձևավորվել է 1991թ. դեկտեմբերի 8-ին՝ Բելառուսի, Ռուսաստանի և Ուկրաինայի ղեկավարների կողմից, ովքեր ստորագրեցին Անկախ պետությունների համագործակցության ստեղծման մասին համաձայնագիր:
1991թ-ի դեկտեմբերի 21-ին 11 ինքնիշխան պետություններ ստորագրեցին վերոնշյալ համաձայնագրին կից արձանագրություն, համաձայն որի, մասնակից պետությունները, իրավահավասար հիմունքներով ձևավորում են ԱՊՀ-ն:
1993թ. ԱՊՀ-ին անդամակցեց Վրաստանը, որն էլ ԱՊՀ կազմից դուրս եկավ 2009թ. օգոստոսի 18-ին:
1993թ. հունվարի 22-ին հաստատվել է ԱՊՀ Կանոնադրությունը, որով ամրագրված են ԱՊՀ հետևյալ նպատակները.
ԱՊՀ Կանոնադրությունը չեն ստորագրել Ուկրաինան և Թուրքմենստանը, ինչով պայմանավորված, վերջիններս դե-յուրե չեն հանդիսանում ԱՊՀ անդամ պետություններ և կարող են դասվել ԱՊՀ հիմնադիր կամ մասնակից պետությունների շարքին:
ԱՊՀ շրջանակներում համագործակցությունն իրականացվում է կանոնադրական մարմինների միջոցով, որոնք են պետությունների ղեկավարների և կառավարությունների ղեկավարների խորհուրդները, արտաքին գործերի և պաշտպանության նախարարների խորհուրդները, սահմանապահ զորքերի հրամանատարների խորհուրդը, տնտեսական դատարանն ու տնտեսական խորհուրդը, միջխորհրդարանական վեհաժողովը, ԱՊՀ կանոնադրական և այլ մարմիններում մասնակից պետությունների մշտական լիազոր ներկայացուցիչների խորհուրդը։
Տնտեսական և սոցիալական զարգացման, հումանիտար ոլորտում փոխգործակցության, հանցագործությունների և ահաբեկչության դեմ պայքարում և մի շարք այլ ոլորտներում ԱՊՀ մասնակից պետությունների միջև համագործակցության խթանման նպատակով ԱՊՀ շրջանակներում ստեղծվել է ճյուղային համագործակցության շուրջ 70 մարմին:
2008 թվականին հաստատվել է ԱՊՀ մասնակից պետությունների Ազգային համակարգողների մասին Կանոնակարգը:
Համագործակցության մշտական գործադիր, վարչական և համակարգող մարմինն է ԱՊՀ Գործադիր կոմիտեն: Վերջինիս կենտրոնակայանը գտնվում է Մինսկում, մեկ մասնաճյուղ տեղակայված է Մոսկվայում:
Նախագահությունը ԱՊՀ բարձրագույն մարմիններում իրականացվում է ռոտացիոն սկզբունքով՝ ըստ ռուսական այբուբենի հերթականության: Յուրաքանչյուր պետություն ԱՊՀ նախագահությունը ստանձնում և իրականացնում է իր ներկայացուցչի միջոցով՝ մեկ տարուց ոչ ավել ժամկետով, եթե չի ընդունվում այլ որոշում:
ԱՊՀ բարձրագույն մարմիններում նախորդող և հաջորդող նախագահները հանդիսանում են Համանախագահներ:
2018թ. սեպտեմբերի 28-ին Դուշանբեում կայացած ԱՊՀ պետությունների ղեկավարների խորհրդի նիստին, որին մասնակցել է նաև ՀՀ Վարչապետ Ն.Փաշինյանը, ընդունվել է 1948թ. դեկտեմբերի 10-ի Մարդու իրավունքների համընդհանուր հռչակագրի ընդունման 70-ամյակի կապակցությամբ հայտարարությունը:
2019թ-ի հունվարի 1-ից ԱՊՀ նախագահությունը ռոտացիոն կարգով փոխանցվել է Թուրքմենստանին: